Sebagian para pakar menyebutkan bahwa akar utama kerjasama antara gerakan misionaris dengan para imperialis ialah perang salib. Salah satu periode yang amat penting dalam sejarah hubungan dunia Islam dan Kristen adalah era Perang Salib. Perang Salib dimulai pada tahun 1095 Masehi atau 489 Hijriah dan berlangsung sampai selama hampir dua abad.  Jumlah perang yang terjadi selama masa itu tidaklah jelas, namun perang terbesar terjadi sepuluh kali dan di setiap perang terjadi banyak pertempuran. Di sepanjang Perang Salib, yang dimulai dengan serangan orang-orang Kristen ekstrim untuk menaklukkan Baitul Maqdis, ratusan ribu umat Islam telah terbunuh. Namun,  umat Islam berhasil mempertahankan Baitul Maqdis dan tentara salib terpaksa meninggalkan Suriah, Mesir, dan kawasan muslim lainnya.

Banyak pendapat yang dikemukakan mengenai penyebab dan motivasi terjadinya Perang Salib ini.  Doktor John L. Esposito, dosen universitas George Town Amerika menulis: Sebagian besar masyarakat Barat mengakui adanya kenyataan tertentu yang berhubungan dengan Perang Salib, tetapi banyak di antara mereka yang tidak mengetahui bahwa  Perang Salib yang mengakibatkan korban yang amat besar ini adalah atas perintah Paus. Bagi umat Islam, kenangan atas Perang Salib merupakan satu contoh nyata dari militerisasi kristen ekstrim, sebuah kenangan yang membawa pesan bagi serangan dan imperialisme Kristen barat.

Menurut para ahli sejarah, Perang Salib adalah hasil dari kebijakan para pemimpin gereja, pemerintah Eropa, serta misionaris yang menentang Islam. Sikap tamak dan kefakiran yang melanda masyarakat Barat membuat mereka berambisi merebut kekayaan umat Islam dan inilah salah satu alasan dimulainya Perang Salib. Alasan-alasan lainnya adalah keinginan mengekspansi wilayah Eropa,  timbulnya fanatisme terhadap agama, keinginan untuk menaklukkan Baitul Maqdis, serta membebaskan pemakaman suci di sana.

Perang Salib pertama dimulai di bawah pimpinan Urbanus kedua. Dengan fatwa para pendeta kristen, pasukan besar Eropa, disertai tokoh-tokoh pemerintah Eropa dan pimpinan gereja bergerak menuju Baitul Maqdis yang berlokasi di tanah pendudukan Palestina. Di sepanjang kota-kota Islam yang mereka lalui, mereka membunuhi ratusan ribu manusia, lelaki, wanita, dan anak-anak. Sejarawan terkenal Perancis, Gustav Lubon mengenai Perang Salib menulis, “Di zaman terjadinya Perang Salib, peradaban timur berada dalam tahap kegemilangannya berkat Islam. Sebaliknya, Eropa tenggelam dalam kegelapan dan kezaliman. Ada sekelompok tentara salib yang ganas. Mereka membunuh dan merampok kawan maupun lawan,  kelompok sendiri maupun pasukan asing.”

Perang Salib membawa kemajuan sosial bagi masyarakat Barat. Rakyat Eropa yang saat itu berperadaban rendah, mulai mengenal kecemerlangan peradaban umat Islam dan mereka mulai mempelajari ilmu dan peradaban dari rakyat muslim. Tetapi, seperti apa yang telah ditulis oleh sejarawan terkenal bernama Twin B, “Orang-orang Kristen mengambil manfaat dari kemajuan peradaban dan kesenian umat Islam tetapi permusuhan bersejarah fanatisme Kristen dengan Islam Timur tidak pernah berkurang.”

Will Durant penulis sejarah yang terkenal, mengenai infiltrasi dua dunia, yaitu Kristen dan Islam, di sepanjang Perang Salib, menulis, “Infiltrasi dunia Kristen terhadap Islam hanya terbatas pada sebagian budaya agama dan perang, tetapi dunia Islam melakukan berbagai infiltrasi dalam dunia kristen. Sebaliknya, dari Islam, Eropa mengadopsi makanan, minuman, obat-obatan, kedokteran, persenjataan, selera dan kecenderungan seni, metode industri dan perdagangan, undang-undang, dan metode kelautan.

Di sepanjang era perang Salib dan pasca perang, terutama ketika Byzantium jatuh ke tangan umat Islam, mereka mulai merusak citra Islam dan menyajikan gambaran yang telah diubah di kalangan orang-orang Kristen. William Montgomery Watt, seorang peneliti Inggris, pernah menulis bahwa wajah Islam yang telah diubah oleh pendeta Kristen. Dalam pemikiran umat Kristen pada abad ke-12 ditanamkan penggambaran bahwa Islam itu agama pedang dan kekerasan serta Nabi Muhammad SAW adalah penentang Nabi Isa a.s. Menurut Watt, hasil dari distorsi penggambaran Islam ini berlanjut hingga abad ke-19 dalam pemikiran orang-orang Eropa. Malah, hingga saat ini, distorsi itu tetap kekal dalam pemikiran masyarakat Barat dan dampaknya masih bisa dilihat sampai hari ini. Watt juga menambahkan bahwa pembentukan gambaran buruk mengenai Islam sebagian besar merupakan reaksi umat Kristen yang melihat bahwa peradaban umat Islam di Andalus amat tinggi melampaui mereka.  

Sebagian peneliti menyebutkan selain Perang Salib, alasan politik juga  menjadi penyebab lain terjadinya kerjasama antara misionaris dengan imperialis. Mereka menggunakan ucapan  pemimpin gereja seperti Yulius Richter sebagai dalil. Yulius telah mencerca umat Kristen yang telah membiarkan kekaisaran Byzantium secara berangsur-angsur digantikan oleh emperator Islam dan berlanjut dengan jatuhnya Konstantinopel pada tahun 1453 ke tangan umat Islam. Para peneliti yang berpendapat seperti ini sepertinya lupa bahwa infiltrasi umat Islam di berbagai penjuru dunia muncul sebelum adanya gerakan militer. Infiltrasi ini berakar dari masalah kebudayaan dan kepercayaan.

Dari sudut ini, bisa dipahami mengapa umat Islam dalam masa yang singkat dan dengan fasilitas yang sedikit bisa memperluas kekuasaannya. Thomas V Arnold, menerangkan falsafah kemajuan Islam sebagai berikut.

“Ketika tentara Islam tiba di Jordan, orang-orang Kristen Jordan menulis surat yang isinya sbb: Wahai umat Islam, kalian lebih kami sayangi daripada orang-orang Roma, meskipun  mereka seagama dengan kami, tetapi kalian berperilaku lebih mulia, lebih adil, dan lebih baik terhadap kami.”

Infiltrasi dan perkembangan Islam di Eropa, bisa disebutkan sebagai salah satu dari penyebab terjadinya kerjasama antara gerakan misionaris gereja dengan pihak imperialis. Menurut pandangan Norman Daniel dalam bukunya berjudul “Islam and the West: The making of an image”, penentangan politik dunia Kristen terhadap dunia Islam berubah menjadi satu pemikiran yang menguasai Barat. Ide ini terus tertanam dalam pikiran Barat meskipun ideologi persatuan Eropa telah hancur dan agama Kristen telah terpecah menjadi Katolik dan Protestant.